మనదేశంలోని అత్యంత ప్రాచీనమైన శైవక్షేత్రాలలో గోకర్ణం ఒకటి. పవిత్రమైన త్రిస్థలాలలో గోకర్ణం ఒకటి. మిగతా రెండు వారణాశి, రామేశ్వరం. గోకర్ణక్షేత్రానికి పడమట అరేబియా సముద్రం, తూర్పున సిద్ధేశ్వరక్షేత్రం, ఉత్తరాన గంగావళినది, దక్షిణాన అగనాశిని నది ఉన్నాయి. ఇలా ప్రకృతి రమణీయతతో అలరారుతుండే ఈ క్షేత్రంలో శివుని ఆత్మలింగం ప్రతిష్టితమైంది. పురాణ కథ ఈ పుణ్యక్షేత్ర ప్రసక్తిని రామాయణ, మహాభారతాలలో చూడగలం. ఇక స్కాందపురాణంలో ఒక అధ్యాయమే ఈ క్షేత్ర ప్రాముఖ్యాన్ని వివరిస్తోంది. పూర్వం రావణాసురుడు శివుని గురించి ఘోరమైన తపస్సు చేయగా, అతని తపస్సును మెచ్చి ప్రత్యక్షమైన శివుడు వరాన్ని కోరుకొమ్మన్నాడు. అప్పుడు రావణాసురుడు తనకు ఆత్మలింగం కావాలని కోరాడు. అందుకు ఓ నిబంధన విధించిన శివుడు, రావణాసురునికి ఆత్మలింగాన్ని ఇచ్చాడు. ఆ నిబంధన ప్రకారం, రావణాసురుడు లంకకు వెళ్ళేంతవరకు ఆత్మలింగాన్ని నేలపై దించుకూడదు. ఆత్మలింగాన్ని అందుకున్న రావణాసురుడు లంకవైపు పరుగులు తీయసాగాడు. ఆత్మలింగం రావణాసురుని దగ్గరే ఉంటే లోకాలన్నీ అల్లకల్లోలమైపోతాయని కలత చెందిన దేవతలు, తమను కాపాడవలసిందంటూ విష్ణుమూర్తి, బ్రహ్మ, విష్నేశ్వర తదితర దేవుళ్లను వేడుకోగా, గణపతి చిన్నపిల్లవాని వేషంలో రావణాసురునికి మార్గమధ్యంలో ఎదురుపడతాడు. సరిగ్గా అప్పుడే విష్ణుమూర్తి తన చక్రాయుధాన్ని సూర్యునికి అడ్డంగా పెడతాడు. సాయంత్రం అవుతుందనుకున్న రావణాసురుడు సంధ్యావందనాన్ని నిర్వర్తించాలనుకుంటాడు. అయితే అతని రెండు చేతుల్లో శివుని ఆత్మలింగం ఉంది.
అప్పుడు అటుగా బాలరూపంలో వచ్చిన వినాయకుని చూసిన రావణాసురుడు, కాసేపు ఆత్మలీంగాన్ని పట్టుకొమ్మని, తాను సంధ్యావందనం చేసి వస్తానని అభ్యర్ధిస్తాడు. అందుకు ఒప్పుకున్న బాలవినాయకుడు, తాను మూడుసార్లు పిలుస్తానని, అప్పటికీ రావణాసురుడు రాకపోతే ఆత్మలింగాన్ని కింద పెట్టేస్తానని చెబుతాడు. వేరే దారిలేని రావణాసురుడు వినాయకుని నిబంధనకు ఒప్పుకుని సంధ్యావందనం చేసుకోడానికి వెళతాడు. అయితే రావణాసురునికి ఏమాత్రం అవకాశాన్ని ఇవ్వని వినాయకుడు, గబగబా మూడుసార్లు రావణాసురుని పిలిచి, ఆత్మలింగాన్ని నేలపై పెట్టేస్తాడు. రావణాసురుడు ఎంతగా పరుగులు పెట్టి వచ్చినప్పటికీ జరగాల్సింది జరిగిపోతుంది. ఆ సంఘటనకు కోపగించుకున్న రావణాసురుడు బాలవినాయకుని తలపై ఒక మొట్టికాయ వేస్తాడు. ఫలితంగా గణపతి తలపై నొక్కు ఏర్పడుతుంది. ఆ నొక్కును ఇప్పటికీ, ఇక్కడున్న మహాగణపతి ఆలయంలోని గణపతి విగ్రహానికి చూడవచ్చు. ఆ తరువాత రావణాసురుడు ఎంతగా ప్రయత్నించినప్పటికీ, ఆత్మలింగాన్ని పైకి లేపలేకపోతాడు. ఆత్మలింగాన్ని తీసుకువచ్చిన పెట్టెను ఉత్తరం వైపు నుంచి లాగుతాడు. అది విసురుగా వెళ్ళి దూరంగా పడిపోతుంది. అక్కడ సజ్జేశ్వర లింగం వెలుస్తుంది. పెట్టె మూతపడిన చోట గుణేశ్వర లింగం ఉద్భవిస్తుంది. లింగంపై కప్పబడిన వస్త్రం పడిన చోట మురుడేశ్వర లింగం వెలుస్తుంది. పెట్టెను కట్టిన (తాళ్ళు) పడినచోట ధారేశ్వరలింగం ఉద్భవిస్తుంది. ఈ లింగాల మధ్య స్వామివారి ఆత్మలింగం మహాబలేశ్వరలింగంగా గోకర్ణంలో వెలుస్తుంది. ఆత్మలింగంతో ముడిపడిన ఐదుక్షేత్రాలను శైవ పంచక్షేత్రాలని పిలుచుకుంటుంటారు.
ఇంకొక కథనం ప్రకారం, పాతాళలోకంలో తపస్సు చేసి, భూలోకానికి వస్తున్నప్పుడు, భూమాత గోరూపాన్ని ధరించిందట. ఆ గోవుచెవి నుండి పరమేశ్వరుడు బయటకు రావడంతో ఈ క్షేత్రనికి గో (ఆవు) కర్ణం (చెవి) = గోకర్ణం అనే పేరు ఏర్పడిందట.